Seksi Pendidikan Madrasah sebagaimana dimaksud dalam Pasal 393 mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi pada pendidikan madrasah.

FUNGSI

1. Penyiapan perumusan kebijakan teknis dan perencanaan di bidang pendidikan madrasah;
2. Pelaksana pelayanan, bimbingan, dan pembinaan di bidang kurikulum dan evaluasi, pendidik dan tenaga kependidikan, sarana prasarana, pengembangan potensi siswa, kelembagaan, kerja sama, dan pengelolaan sistem informasi pendidikan madrasah;  
3. Evaluasi dan penyusunan laporan di bidang pendidikan madrasah.